É encontrado em diversos tipos de ambientes, desde savanas a florestas. Prefere forragear em ambientes abertos, mas utiliza florestas e áreas mais úmidas para descansar e regular a temperatura corporal. É capaz de nadar em rios amplos. Seus predadores incluem grandes felinos, como a onça-pintada e a suçuarana, e rapinantes podem predar filhotes. Apesar dos territórios individuais muitas vezes se sobreporem aos de outros, são animais primariamente solitários, sendo encontrados com outros somente em situações de cortejamento de fêmeas ou encontros agonísticos entre machos e fêmeas cuidando de filhotes. Se alimenta principalmente de formigas e cupins, utilizando suas garras para cavar e a língua para coletar os insetos.
O tamanduá-bandeira é listado como "vulnerável" pela IUCN. Foi extinto em algumas partes de sua distribuição geográfica, como no Uruguai, e corre grande risco de extinção na América Central. As principais ameaças à sobrevivência da espécie são a caça e a destruição do habitat, e é um animal susceptível a ser atingido fatalmente por incêndios e atropelamentos.